学校紧紧围绕科学前沿、国家战略目标和区域重大需求，大力推进科研体制改革与创新，积极争取大项目、凝聚大团队、构筑大平台、培育大成果、做出大贡献，学校总体科技创新水平进入了国家队行列，位居省内高校前列。 “十二五”以来，承担了一批国家级高层次科研项目，涵盖了国家重点研发计划、国家科技支撑计划、“973”计划、“863”计划、国家科技重大专项、国家公益性行业科研专项、国家自然科学基金及国家社会科学基金等国家级项目；学校现有国家发展和改革委员会小麦和玉米深加工国家工程实验室、人参新品种选育与开发国家地方联合工程研究中心，科学技术部食用菌新种质资源创制国际联合研究中心，教育部动物生产及产物质量安全教育部重点实验室、生物反应器与药物开发教育部工程研究中心、食药用菌教育部工程研究中心、现代农业技术国际合作联合实验室，农业农村部北方食用菌资源利用重点实验室、参茸产物质量监督检验测试中心等15个国家和部委级科研平台，57个省级科研平台。荣获国家科技进步二等奖3项，省社科优秀成果奖一等奖5项，省科学技术奖一等奖21项，省科学技术奖获奖数量连续多年位居省属高校首位。学校与60个市县区（公司）签订了共建协议，组织学校科教人员开展支农服务，培训各类技术人员、农民200余万人次，创造技术增收200余亿元，“把论文写在吉林大地上”的办学特色得到进一步彰显。积极开展赞比亚农业技术示范中心援建工作，多次深入赞比亚各地开展农业技术服务，受到受援国及国家有关部委广泛认可，成为南南合作典范。